1、申请对象不同。保障房的申请对象是本市城镇低收入住房困难家庭，而公租房的申请对象不受区域与户籍限制。
2、收入限制标准不同。主城区申请保障房的收入限制标准为家庭人均月收入低于450元;申请公租房的收入限制标准为单身人士月收入低于2000元，家庭月收入低于3000元。
3、交纳的租金不同。保障房月租金标准约为0.8—1.2元/㎡。公租房的租金标准根据贷款利息、维护费等因素而定，不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%，并实行动态调整。
1、登记。申请家庭携带相关资料原件向户口所在地住房保障和房产管理部门提出申请，住房保障和房产管理部门进行申请资料的完整性审核，资料完整的，在现场留取扫描件后进行填表，经确认无误后，打印申请表和承诺书，申请人现场确认并签字，完成申请程序。
2、审核。市保障性住房管理中心受理申请后，按照规定在15个工作日内以《协助调查函》及《申请家庭资格联审表》的形式将申请家庭资料转交市民政、公安部门，进行申请家庭的收入、家庭资产和身份户籍认定。
3、公示。市保障性住房管理中心自收到民政、公安部门认定意见之日起5个工作日内，将申请家庭认定情况在市住房保障和房产管理局政务网进行公示，公示时间不少于10日。
4、保障。公示期满，对公示无异议或者虽有异议但经核实符合条件的，由区住房保障和房产管理部门分类录入市保障性住房信息管理系统及本省住房保障信息数字化系统，并由市保障性住房管理中心登记备案，为其及时提供住房保障。同时，将申请家庭的审核结果等相关信息进行公布，以便申请家庭查阅和社会各界监督。