绝大多数支原体肺炎患者表现为轻度或中度上呼吸道感染，因为支原体侵入呼吸道后粘附在支气管上表皮细胞表面上释放有毒代谢产物，使细胞受损。通常表现为扁桃体炎、气管炎、支气管炎。
顽固咳嗽
顽固咳嗽是支原体肺炎最主要的症状，因为支原体往往侵犯支气管和肺部，咳嗽多为呛咳，不易化解。起初为干咳，数日后有少许痰。仅少数病人痰中带血或咯血，有时伴有胸骨后疼痛。
发热
与大多数炎症一样，支原体肺炎也会引发身体的炎症反应，出现发热。多数患者体温高于37℃，最高时可达39℃，极少伴有寒战。
全身症状
支原体肺炎患者由于支原体感染，在体内会发生复杂的免疫反应。所以患者常伴有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或肝功能不正常，极少数患者并发肾炎及肾功能衰竭。
其他肺外并发症
肺炎支原体感染后可产生特异性血清抗体及呼吸道局部分泌抗体，出现脑、肺、红细胞膜、淋巴细胞、心肌等多种自身抗体，引起人体抗原反应，导致肺外并发症。
神经系统：脑炎、神经根炎、颅神经炎，脊髓炎等。
皮肤表现：红斑丘疹和疱疹最为常见。
肌肉关节病：关节炎、关节痛、肌痛。
心血管系统：心肌炎、心包炎、传导阻滞、充血性心力衰竭。
耳部：耳痛，少数伴发中耳炎。
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