行为人和16岁女生发生关系的相关法律是《刑法》、《未成年人保护法》。法律规定，如果行为人是在女方自愿的情况下，与16岁女生发生关系的，行为人依法不负法律责任。如果16岁的女生不愿意，行为人强行与之发生了关系，那行为人会因构成强奸罪而法院处以刑罚。
《刑法》第二百三十六条 以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。 奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。 强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑： （一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的； （二）强奸妇女、奸淫幼女多人的； （三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的； （四）二人以上轮奸的； （五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的； （六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。