法律分析：在刑事案件中，犯罪后所得的财产应当返还给被害人或者国家，但是不包括利息。然而，在民事案件中，根据《中华人民共和国合同法》第一百三十三条，如果一方违约应当支付利息的，应当按照约定支付利息。因此，在公司犯罪赔偿款中，如果约定了赔偿款的利息，仲裁机构可以判决加上利息的赔偿款。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第一百三十三条：“一方违反合同约定应当支付利息的，应当按照约定支付利息。”
2.《中华人民共和国刑法》第一百二十八条：“犯罪所得返还被害人或者国家，不包括利息。”
3.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十条：“仲裁裁决是具有法律约束力的，当事人应当依法履行。”