工资5000元开始扣税，也就是说个人的工资在扣除了五险一金等费用之后，达到了5000元以上的需要缴纳一定的税费。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第三条 个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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