发票专用章如果是因为首次加盖不清楚，而造成盖了两次，是可以使用的。按照通用规定来说，开具的发票需要尽量做到按照规定的栏目、顺序、时间限制等，全部发票联都一次性如实加盖印章。但是当出现加盖不清楚的情况时，重复加盖发票专用章，依然是有效的。需要领购发票的单位和个人，应当持税务登记证件、经办人身份证明、按照国务院税务主管部门规定式样制作的发票专用章的印模，向主管税务机关办理发票领购手续。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条
开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
专用发票应按什么要求开具
1、项目齐全，与实际交易相符；
2、字迹清楚，不得压线、错格；
3、发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；
4、按照增值税纳税义务的发生时间开具。对不符合上列要求的专用发票，购买方有权拒收。