不违法。公司给员工办两张工资卡，通常是不存在偷税漏税的情况，因为个人所得税的计算并不是根据向卡里打了多少钱来计算，而是按照工资性收入的总和来进行计算。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
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