公司申请高新企业的方式如下：
1、网上申请。在高新技术企业认定管理工作网注册登记，向认定机构提出认定申请；
2、网上申请通过以后，企业要向地方科技局提交相关申请的书面材料；
3、认定机构收到企业申请材料后，组织不少于五名专家进行评审；
4、对申请企业申报材料进行综合审查，确定认定高新技术企业名单；
5、经认定报备的企业名单，经过公示10个工作日等。
高新技术企业认定需要什么材料
高新技术企业认定需要材料：
1、企业营业执照副本、组织机构代码证和税务登记证书；
2、近3个会计年度的资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表、研发费用专项结构明细表、高新技术产品收入明细表；
3、知识产权证书、知识产权独占许可或购买的备案证明。
法律依据：《高新技术企业认定管理办法》第十三条
企业获得高新技术企业资格后，应每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
第十六条
对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
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