食品配方专利一般按如下方式进行申请：需要具有申请资格的人向专利局提交请求书、说明书及其摘要等文件。专利局受理并逐步审查，实质审查后发现没有驳回理由的，就授予专利权，发给专利证书，并公告。
【法律依据】
《中华人民共和国专利法》第二十六条申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。第三十四条国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。第三十五条发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。第三十九条发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。
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