员工擅自离职给公司造成经济损失，公司可扣工资。扣除不得超过当月工资的20%，低于最低工资标准按最低标准支付。《工资支付暂行规定》第七、九、十六条。
法律分析
如果员工擅自离职给公司造成经济损失的，则公司可以扣工资。但公司每月从员工工资中扣除的数额不得超过其当月工资的20%；如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准来支付。
法律依据：《工资支付暂行规定》第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
拓展延伸
员工权益保护：公司能否合法扣除员工工资因擅自离开工位？
根据劳动法的规定，公司在员工擅自离开工位的情况下扣除工资是否合法，需要考虑多个因素。首先，公司应当制定明确的规章制度，明确工作时间和工作地点的要求，以及对于擅自离开工位的处罚措施。其次，公司在执行处罚措施时应当依法进行，遵循公平公正的原则，不能随意扣除员工工资。如果公司有充分的证据证明员工擅自离开工位给公司造成了实际损失，扣除部分工资可能被认为是合理的。然而，扣除的金额应当合理，并且不能超过劳动法规定的限制。因此，公司扣除员工工资因擅自离开工位的行为是否合法，需要根据具体情况进行综合判断。在任何情况下，公司都应当确保员工权益得到保护，并且依法合规地进行处理。
结语
根据《工资支付暂行规定》第七条和相关法律法规，公司可以在员工擅自离职给公司造成经济损失时扣除工资。扣除的金额不得超过当月工资的20%，且剩余工资部分低于当地月最低工资标准时按最低工资标准支付。然而，公司在执行扣除工资的措施时应遵循公平公正原则，确保扣除金额合理且合法。公司应制定明确的规章制度，并根据具体情况进行综合判断，以保护员工权益并依法合规处理。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十九条 【用人单位单方解除劳动合同（过失性辞退）】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十一条 【经济性裁员】有下列情形之一，需要裁减人员二十人以上或者裁减不足二十人但占企业职工总数百分之十以上的，用人单位提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，可以裁减人员：
（一）依照企业破产法规定进行重整的；
（二）生产经营发生严重困难的；
（三）企业转产、重大技术革新或者经营方式调整，经变更劳动合同后，仍需裁减人员的；
（四）其他因劳动合同订立时所依据的客观经济情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的。
裁减人员时，应当优先留用下列人员：
（一）与本单位订立较长期限的固定期限劳动合同的；
（二）与本单位订立无固定期限劳动合同的；
（三）家庭无其他就业人员，有需要扶养的老人或者未成年人的。
用人单位依照本条第一款规定裁减人员，在六个月内重新招用人员的，应当通知被裁减的人员，并在同等条件下优先招用被裁减的人员。
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